分子生物学 SMS2 汉化
共 62 个常用序列操作工具,覆盖格式转换、序列分析、序列图形与随机序列。点击左侧分类或下方任意工具即可使用;结果直接显示在页面内。
合并 FASTA
把多条 FASTA 序列合并为一条序列。
EMBL 转 FASTA
将 EMBL 格式序列转换为 FASTA 格式。
EMBL 特征提取
从 EMBL 文件中提取指定特征区域的序列。
EMBL 翻译区提取
从 EMBL 文件中提取翻译后的蛋白质序列。
DNA 过滤
去除文本中的非 DNA 字符(数字、空格等)。
蛋白过滤
去除文本中的非蛋白质字符(数字、空格等)。
GenBank 转 FASTA
将 GenBank 格式序列转换为 FASTA 格式。
GenBank 特征提取
从 GenBank 文件中提取指定特征区域的序列。
GenBank 翻译区提取
从 GenBank 文件中提取翻译后的蛋白质序列。
单字母转三字母
把单字母氨基酸代码转换为三字母代码。
DNA 区域提取
按指定位置或范围从 DNA 序列中提取片段。
蛋白区域提取
按指定位置或范围从蛋白质序列中提取片段。
反向互补
生成 DNA 序列的反向、互补或反向互补序列。
拆分密码子
按密码子位置把编码序列拆成三条序列。
拆分 FASTA
把 FASTA 记录拆分为指定长度的小片段(可重叠)。
三字母转单字母
把三字母氨基酸代码转换为单字母代码。
DNA 窗口提取
按滑动窗口从 DNA 序列中提取片段。
蛋白窗口提取
按滑动窗口从蛋白质序列中提取片段。
密码子分布图
为序列中每个密码子绘制频率条形图。
密码子使用
统计各密码子的数量与频率,并给出同义密码子偏好。
CpG 岛
识别序列中的 CpG 岛区域。
DNA 分子量
计算 DNA 序列的分子量,可选双链/单链、线状/环状。
DNA 模式查找
查找 DNA 序列中匹配指定模式的位点与数量。
DNA 统计
统计 DNA 序列中各碱基的出现次数与百分比。
DNA 模糊搜索
允许错配地搜索 DNA 序列中与查询相似的位点。
蛋白模糊搜索
允许错配地搜索蛋白质序列中与查询相似的位点。
一致性与相似性
计算多条已比对序列两两之间的一致性和相似性。
多重反向翻译
根据密码子使用表把蛋白比对反向翻译为简并 DNA 序列。
酶切位点突变
寻找可通过突变引入目标酶切位点的区域。
开放阅读框搜索
在 DNA 序列中查找所有开放阅读框(ORF)及其翻译。
密码子两两比对
以密码子为单位进行两条编码序列的全局比对。
DNA 两两比对
对两条 DNA 序列进行全局两两比对。
蛋白两两比对
对两条蛋白质序列进行全局两两比对。
PCR 引物统计
计算引物的 Tm、GC 含量、PCR 适用性等参数。
PCR 产物
根据两条引物查找模板上可能产生的 PCR 产物。
蛋白疏水性 (GRAVY)
计算蛋白质的平均疏水性(GRAVY)值。
蛋白等电点
计算蛋白质的理论等电点(pI)。
蛋白分子量
计算蛋白质的分子量,可附加表位/融合标签。
蛋白模式查找
查找蛋白质序列中匹配指定模式的位点与数量。
蛋白统计
统计蛋白质序列中各残基的出现次数与百分比。
限制性酶切
用 1~3 种限制酶模拟酶切并列出片段大小。
限制性酶切汇总
汇总序列中常用限制酶的切割位点与数量。
反向翻译
根据密码子使用表把蛋白序列反向翻译为最可能的 DNA 序列。
翻译
按指定阅读框把 DNA 序列翻译为蛋白质。
比对保守性着色
按保守性对多序列比对结果进行着色。
比对性质着色
按氨基酸生化性质对多序列比对结果进行着色。
DNA 分组显示
为 DNA 序列添加分组与编号,便于定位碱基。
蛋白分组显示
为蛋白质序列添加分组与编号,便于定位残基。
引物图谱
绘制引物在序列上的退火位置图谱。
限制性酶切图谱
绘制限制酶切割位点及翻译的文本图谱。
翻译图谱
绘制显示蛋白质翻译的文本图谱。
DNA 突变
向 DNA 序列中随机引入碱基突变。
蛋白突变
向蛋白质序列中随机引入残基突变。
随机编码 DNA
生成以起始密码子开头、终止密码子结尾的随机 ORF。
随机 DNA 序列
生成指定长度的随机 DNA 序列。
随机 DNA 区段
用随机碱基替换 DNA 序列的指定区段。
随机蛋白序列
生成指定长度的随机蛋白质序列。
随机蛋白区段
用随机残基替换蛋白质序列的指定区段。
DNA 取样
从引导序列中随机抽取碱基,生成指定长度的序列。
蛋白取样
从引导序列中随机抽取残基,生成指定长度的序列。
DNA 洗牌
随机打乱 DNA 序列的碱基顺序。
蛋白洗牌
随机打乱蛋白质序列的残基顺序。
关于 SMS2(项目介绍与参考文献)
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